La cotisation versée par les employeurs territoriaux pour la formation de leurs agents au CNFPT constitue la principale source de financement de l’action de l’établissement.
Le CNFPT élabore chaque année son budget qui est voté par les représentants des collectivités territoriales élus au Conseil d’administration. Les crédits sont ensuite gérés, de manière déconcentrée, par les services nationaux, les délégations et les instituts.
La gestion financière de l’établissement s’inscrit dans le cadre de la comptabilité publique et de ses règles.
La gestion comptable relève de l’ordonnateur et de l'Agence comptable de l'établissement, et le contrôle de l’établissement de la Cour des comptes.
