La direction générale assure les missions de direction, d’animation et de coordination de l’ensemble des services du CNFPT en charge des missions de l’établissement, qu’ils relèvent du siège national ou des structures déconcentrées sur le territoire (instituts et délégations). Elle encadre plusieurs entités fonctionnelles en charge de missions transversales de support (juridique, informatique, téléphonie, outremer et international).